La COVID et les animaux : un indicateur de la trajectoire de la pandémie?  

La pandémie de COVID-19 est probablement attribuable à la transmission du virus SRASCoV2 de l’animal à l’être humain. Fait intéressant, on rapporte que le virus peut aussi passer de l’être humain à différentes espèces animales. Afin de savoir comment la transmission du virus entre l’humain et l’animal intervient sur sa capacité à infecter et à provoquer des maladies chez l’homme, une équipe internationale menée par des scientifiques de l’Université McGill a observé les taux de transmission entre les espèces. L’équipe espère ainsi obtenir un aperçu de la trajectoire probable du virus. 

L’objectif de l’équipe de recherche était de découvrir à la fois les taux de transmission et la présence de mutations virales qui se produisent assez fréquemment pour amener les scientifiques à croire qu’elles aident le virus à s’adapter à un animal en particulier. La transmission du virus à différentes espèces animales, telles que le vison et le cerf, pourrait placer le virus sur d’autres trajectoires évolutives — de manière favorable ou défavorable — et agir sur sa capacité à infecter l’humain et à entraîner la propagation de maladies. 

Plus souvent, c’est l’humain qui transmet la COVID à l’animal, et non l’inverse 

Les scientifiques ont procédé à des analyses statistiques basées sur l’ensemble des données disponibles relativement aux séquences de génomes viraux de quatre espèces animales. 

« Nous avons constaté qu’à de nombreuses reprises, l’humain transmettait le virus au chat, au chien, au vison et au cerf », indique Jesse Shapiro, professeur agrégé au Département de microbiologie et d’immunologie de l’Université McGill et auteur en chef d’un article publié récemment dans la revue eLife. « En revanche, la retransmission du virus de l’animal à l’humain est rarement observée, sauf dans le cas du vison, qui a retransmis le virus à l’humain à plusieurs reprises. » 

Le vison et le cerf présentent des mutations virales associées à la COVID 

L’équipe de recherche a identifié trois mutations de la protéine S virale, lesquelles sont largement susceptibles d’aider le virus à s’adapter à l’infection et à la transmission chez le vison. Les scientifiques ont également trouvé plusieurs mutations, dont la plupart n’avaient jamais été répertoriées et qui avaient un lien marqué avec les infections au SRASCoV-2 chez le cerf. 

« D’autres études récentes ont révélé que le SRAS-CoV-2 évolue particulièrement rapidement chez le cerf, ce qui correspond au nombre relativement important de mutations que nous avons découvert chez cet animal », explique Sana Naderi, auteure principale de l’article et étudiante aux cycles supérieurs à l’Université McGill. « Dans le cas du cerf, bon nombre de ces mutations sont susceptibles d’aider le virus à se reproduire; en revanche, on ignore encore si elles augmentent ou réduisent la probabilité que le virus infecte l’humain. » 

Davantage de travaux d’échantillonnage sont nécessaires 

L’équipe de recherche espère que les résultats de l’étude inciteront leurs pairs à réaliser davantage d’échantillonnages du SRAS-CoV-2 à partir d’autres espèces animales, dont les espèces moins étudiées comme le chat et le chien. En outre, il serait intéressant de procéder à un échantillonnage approfondi du cerf et du vison, puisque ces derniers pourraient se révéler d’importants réservoirs de diversité génétique pour le virus. L’équipe croit que ces mutations pourraient aussi être étudiées en laboratoire afin de déterminer si, et dans quelles conditions, ces mutations ont une incidence sur la réplication et la transmission du virus. Une telle étude pourrait également mener à une constatation d’importance, à savoir si l’adaptation à une espèce animale peut réduire la capacité d’adaptation à l’humain. 

L’étude 

L’article « Zooanthroponotic transmission of SARS-CoV-2 and host-specific viral mutations revealed by genome-wide phylogenetic analysis », par Sana Naderi, Peter E Chen, Carmen Lia Murall, Raphael Poujol, Susanne Kraemer, Bradley S Pickering, Selena M Sagan, et Jesse Shapiro a été publié récemment dans eLife.