| Expériences en multiplex | Les échantillons marqués sont mélangés puis séparés sur le même gel. La variation inter-gel est ainsi complètement éliminée pour des échantillons sur le même gel de DiGE, et le nombre de gels requis par expérience s’en trouve réduit d’un facteur deux à trois). |
| Comparaison inter-gels | Un des trois échantillons sur un gel de DiGE peut être un mélange de tous les échantillons expérimentaux en quantités égales (un mélange de contrôles internes). Ceci crée un standard pour chaque protéine présente dans les gels. Par conséquent, des comparaisons entre gels peuvent être effectuées avec fiabilité. |
| Manipulation aisée | Les grands gels sont difficiles à manipuler. Dans le DiGE, les protéines sont pré-marquées. Ainsi, les gels DiGE n’ont pas à être manipulés après électrophorèse. De plus, le scanneur utilisé pour la formation des images accepte le montage complet du gel et des plaques. Ceci réduit la variation inter-gels, et le risque d'endommager ou de détruire les gels. |