Diplômé d'Édimbourg et d'Oxford, formé aux humanités et administrateur doué, Sir William était le candidat idéal pour la fonction de principal.
Ce n'est toutefois qu'en mai 1895, après de longues négociations, qu'il accepte cette nomination. Il se révèle vite un administrateur avisé tant en ce qui a trait au recrutement du personnel qu'aux finances. Son principalat voit la création du Collège Macdonald et du Conservatoire de musique et est marqué par le progrès des sciences et des arts. Grâce surtout à la générosité de Sir William Macdonald et de Sir Donald A. Smith, le campus se transforme. Y sont érigés le pavillon Macdonald (génie), les pavillons de physique et de chimie, le pavillon Strathcona (médecine), le siège de l'Association des étudiants (aujourd'hui Musée McCord) et le Collège royal Victoria. Sir William Peterson meurt le 4 janvier 1921.