La Neuroinformatics for Personalized Medicine toolBox (Boîte à outils neuroinformatique en médecine personnalisée, ou Neuro-PM Box) est un logiciel multiplateforme polyvalent et pratique qui permet l’intégration avancée de données moléculaires, histopathologiques, d’imagerie cérébrale multimodale et thérapeutiques. Développée par le laboratoire du Pr Yasser Ituria Medina (NeuroPM Lab), elle vise à entrer en synergie avec différentes méthodes et modalités de données pour faciliter la découverte d’approches novatrices et efficaces d’analyse de données multifactorielles à différentes échelles, et la stratification des patients associée. La Neuro-PM Box est une application autonome compatible avec Windows, Linux et Mac qui fonctionne avec une interface utilisateur graphique (IUG) et un outil de visualisation pratiques, et pour lequel aucune connaissance en programmation n’est nécessaire. Elle vient aussi avec un tutoriel facile à suivre.
Actuellement, cette boîte à outils propose cinq modules méthodologiques :
- Inférence de trajectoires contrastive (cTI, pour contrastive Trajectories Inference) : détermination de trajectoires de biomarqueurs, et de scores d’évolution et de sous-types de pathologies;
- Inférence de trajectoires contrastive multiomique (multi-cTI) : détermination de trajectoires de biomarqueurs, et de scores d’évolution et de sous-types de pathologies à l’aide de couches de données omiques;
- Modèle de transmission épidémiologique (ESM, pour Epidemic Spreading Model) : caractérisation, à l’échelle individuelle ou par groupes, d’« agents » de région moléculaires ou macroscopiques (ex. : protéine tau, dépôts amyloïdes, atrophie) se propageant dans les réseaux du cerveau;
- Modèle causal multifactoriel (MCM, pour Multifactorial Causal Model) : caractérisation, à l’échelle individuelle ou par groupes, de synergies complexes entre différents facteurs biologiques basés sur l’imagerie et leur propagation intracérébrale;
- Empreintes thérapeutiques personnalisées (pTIF, pour personalized Therapeutic Fingerprints) : sous-typage de patients en vue d’un traitement personnalisé basé sur des déformations cérébrales individuelles mesurées par imagerie multimodale, dans le but de moduler la trajectoire pathologique.
La NeuroPM-box est diffusée librement dans le monde de la recherche universitaire et non lucrative, pour utilisation non commerciale seulement. C’est le laboratoire du Neuro-PM qui s’occupe des applications commerciales. Les recettes générées grâce aux utilisateurs payants sont utilisées pour le développement et la maintenance du logiciel, et pour financer la recherche du laboratoire. Pour utiliser ce logiciel à des fins commerciales, veuillez communiquer avec le yasser.iturriamedina [at] mcgill.ca (Pr Yasser Iturria Medina).
