Les prix de la Fondation Irv et Helga Cooper apporteront un soutien essentiel à trois initiatives enthousiasmantes en matière de science ouverte. Les lauréats de cette année ont fait preuve d’exemplarité et de créativité en proposant des outils et des ressources qui facilitent l’échange des données et la reproductibilité. Leur mérite particulier fut de rendre accessibles de nouveaux ensembles de données démographiques, comme celles des personnes d’ascendance africaine – généralement sous-représentées dans la recherche et les banques de données – pour finalement améliorer la qualité des soins prodigués aux patients en Afrique et dans d’autres régions.
Cette année encore, ces prix ont suscité l’intérêt partout dans le monde. Le prix international a reçu plus de 20 candidatures en provenance de 17 pays. Les projets démontraient une impressionnante diversité : création de capacités durables pour la neuro-imagerie en Afrique, élaboration de normes pour l’échange des données d’imagerie cérébrale, fourniture de boîtes à outils pour les enregistrements électrophysiologiques, recadrage de l’évaluation par les pairs, création de plateformes pour la modélisation de réseaux cérébraux complets, mise en commun de données, etc. Vingt étudiants de huit pays (Australie, France, Pays-Bas, Nigeria, Royaume-Uni, Allemagne, États-Unis et Canada) ont posé leur candidature aux bourses pour stagiaires.
Les prix de science ouverte du Neuro, parrainés par la Fondation Irv et Helga Cooper, sont une initiative de l’Institut de science ouverte Tanenbaum du Neuro. Ces prix seront décernés le 30 novembre lors du symposium sur la science ouverte en action.
Prix international – 80 000 $
La structure des données d’imagerie cérébrale (BIDS selon l’acronyme anglais) est une norme de données mise à disposition pour la communauté mondiale de la neuro-imagerie – Le comité directeur de BIDS
Ariel Rokem, Université de Washington
Cyril Pernet, Hôpital universitaire de Copenhague, Rigshospitalet
Guiomar Niso, Institut Cajal du Conseil national de la recherche espagnol
Yaroslav Halchenko, Université de Dartmouth
Robert Oostenveld, Institut Donders pour le cerveau, la cognition et le comportement
Décerné à BIDS, ce prix vient récompenser une approche collective de longue date pour normaliser les données en neuro-imagerie et permettre ainsi leur adoption par un large public. BIDS a joué un rôle fondamental dans de nombreuses initiatives mondiales d’échange de données, et servi de modèle pour d’autres normes. Le comité de sélection du prix a également félicité l’organisation pour sa constante collaboration avec le monde des neurosciences et pour ses interventions destinées à généraliser BIDS à d’autres formes de données.
Les expériences de neuro-imagerie produisent une multiplicité de données structurées de manière diverse. L’absence de normes conduit à des organisations différentes d’un établissement à l’autre et parfois au sein d’un même laboratoire, avec pour conséquence des malentendus et des erreurs, et un gaspillage des ressources. Qui plus est, la reproductibilité reste médiocre, même au sein du laboratoire où les données ont été recueillies. La structure des données d’imagerie cérébrale (BIDS) aplanit cette difficulté en organisant les données de neuro-imagerie selon un modèle simple et facile à adopter. BIDS est une norme commune pour l’organisation, la description et l’échange de ces données. Outre un document descriptif des spécifications, elle fournit des applications et des outils aux chercheurs pour intégrer facilement la norme dans leurs flux de travail actuels, et maximiser la reproductibilité et les possibilités d’échange des données, tout en respectant les bonnes pratiques scientifiques. L’adoption généralisée de BIDS a donné une forte impulsion à la recherche. La structure compte maintenant plus de 300 contributeurs dans le monde et une centaine de centres et de projets. Les données IRM de plus de 45 000 individus sont ainsi mises en commun au format BIDS sur diverses plateformes, et elles totalisent plus de 1 500 citations depuis 2016. En éliminant les obstacles à l’échange des données, BIDS a suscité une pléthore de projets fondés sur les données en source ouverte partout dans le monde.
Prix pour les stagiaires
Prix du stagiaire international – 10 000 $
Défi de la segmentation des tumeurs cérébrales en Afrique subsaharienne – Maruf Adewole, Medical Artificial Intelligence Laboratory, Lagos, Nigeria
Ce prix récompense Maruf Adewole pour son rôle prépondérant dans les initiatives visant à renforcer les capacités de recherche dans des collectivités dépourvues de ressources. Ses nombreuses contributions à la science ouverte ont englobé diverses méthodologies fondées sur le partage de données ouvertes, les collaborations à grande échelle et la formation.
Au cours de ses dix années d’existence, le Défi de la segmentation des tumeurs cérébrales (BraTS) n’a jamais présenté de données provenant de régions mal desservies comme l’Afrique subsaharienne.
En collaboration avec le Consortium pour l’avancement de l’éducation et de la recherche en IRM en Afrique (sigle anglais CAMERA), Maruf Adewole a dirigé le BraTS-SSA, le premier ensemble de données d’imagerie par résonance magnétique (IRM) en libre accès sur les cas de tumeurs cérébrales en Afrique subsaharienne. La population d’Afrique subsaharienne figure ainsi dans les efforts mondiaux pour créer des outils d’intelligence artificielle afin d’améliorer la détection des tumeurs cérébrales et la planification des traitements. Le regroupement et la conservation d’ensembles de données diverses recueillies dans les centres de diagnostic africains ont fourni aux chercheurs une ressource précieuse pour mieux connaître les aspects uniques des tumeurs cérébrales dans les populations africaines. Ces ensembles de données améliorent potentiellement la précision du diagnostic, la planification du traitement et ses résultats, et renforcent la qualité des soins aux patients en Afrique et dans d’autres milieux où les ressources sont également limitées.
Prix du stagiaire canadien – 5 000 $
Évaluation continue des stratégies de débruitage de la connectivité de l’imagerie par résonance magnétique fonctionnelle à l’état de repos à l’aide de fMRIPrep et de Nilearn – Hao-Ting Wang, Centre de recherche de l’Institut universitaire de gériatrie de Montréal
Le prix a été décerné à Hao-Ting, tant pour ses nombreuses contributions aux logiciels libres facilitant une neuro-imagerie ouverte et reproductible, que pour son engagement continu auprès des collectivités locales et mondiales de la science ouverte.
Ce projet constitue un nouveau point de référence en matière de débruitage des données d’IRM fonctionnelle, exécutable de manière répétée pour les utilisateurs de fMRIPrep, un logiciel de prétraitement ouvert et populaire. Ce point de référence permet d’évaluer pour la première fois le débruitage des connectomes à l’aide d’un logiciel contemporain. Il propose un flux de travail ouvert, de l’ensemble des données jusqu’à la mise en œuvre du logiciel. Le projet privilégie notamment le cycle de vie du logiciel et les avantages pour la communauté par rapport à une publication individuelle, comme en témoigne l’intégration dans la bibliothèque logicielle existante, ouverte et largement utilisée Nilearn, plutôt que la création d’un logiciel distinct. En vue de fournir des conseils aux utilisateurs de fMRIprep et de démontrer l’importance d’une évaluation continue des méthodes de recherche, ce travail jette les bases d’une infrastructure de recherche reproductible. La prépublication mise en ligne sur le service de Neurolibre facilite l’évaluation continue à l’avenir et démontre le potentiel des applications de Neurolibre pour la recherche reproductible. Ce projet de référence a également servi de prototype d’applications de structure de données d’imagerie cérébrale (BIDS-App) pour produire des séries temporelles et des connectomes prêts pour l’apprentissage automatique.
Inscrivez le 30 novembre 2023 dans votre calendrier pour la cérémonie de remise des prix et symposium sur la science ouverte
Cette année, les prix de la science ouverte de la Fondation Neuro – Irv et Helga Cooper seront décernés en personne lors du Symposium de la science ouverte en action le 30 novembre 2023.
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