L'Université McGill est une société découlant d'une charte royale octroyée par la Couronne du Royaume-Uni, qui conserve ce pouvoir et l'exerce par l'entremise du gouverneur général qui est visiteur de l'Université.

Les gouverneurs de l'Université forment l'Institution royale pour l'avancement des sciences, société constituée en vertu des lois de la province de Québec. Ils sont investis de la gestion des finances, de la nomination des professeurs et d'autres fonctions. Douze des gouverneurs sont élus par le Conseil et leur candidature est proposée par le comité des membres; trois sont élus par l'Association des diplomés; deux par le Sénat, parmi ses membres, deux par le personnel administratif et de soutien à temps plein parmi ses membres, deux par le personnel enseignant à temps plein et quatre par les étudiants, parmi la collectivité étudiante. C'est le conseil qui élit le chancelier de l'Université et aussi, parmi ses membres, un président qui assiste à ses réunions et qui peut également être le chancelier. Le chancelier et le président sont membres de droit.

Le chancelier préside les cérémonies de collation des grades et les séances conjointes du Conseil des gouverneurs et du Sénat.

Le président du Conseil des gouverneurs est également président de l'Institution royale pour l'avancement des sciences.

Le président et vice-chancelier est le dirigeant universitaire et directeur général de l'Université, nommé par le conseil des gouverneurs après consultation auprès d'un comité statutaire chargé de la sélection d'un président. Le président est président de droit du Sénat.

Le Sénat est la plus haute instance de l'Université, responsable des admissions, des programmes d'études, de la discipline et de l'octroi des grades. Les règlements du Sénat sont appliqués par les diverses facultés et écoles qui assument également la responsabilité primordiale des activités pédagogiques de l'Université.