La deuxième année du programme de maitrise est normalement consacrée au projet de recherche individuel (MDPH625D1/D2), duquel résulte la thèse de maitrise. Le choix de projet de recherche est fait suite à des discussions entre l'étudiant et les superviseurs potentiels au cours du deuxième trimestre de la première année du programme de maitrise. Il est recommandé pour les étudiants d'avoir de 3 à 4 discussions différentes avant de prendre une décision. Tous les enseignants et potentiels superviseurs ont l'autorité d'accepter ou de refuser un étudiant. Les projets sont attribués sur une base de premier arrivé-premier servi. Cependant, aucun arrangement officiel ne doit être conclu avant la pause de mi-session du trimestre d'hiver, afin que tous les étudiants aient une chance de prendre connaissance de tous les projets disponibles. Lorsqu'une entente officielle a été conclue entre un superviseur et un étudiant, le projet doit être soumis à l'Unité de Physique Médicale (UPM).
Durée
Les projets de recherche commencent généralement en septembre au début de la deuxième année du programme de maitrise. Cependant, les étudiants ont aussi la possibilité de débuter leur projet de recherche durant l'été précédant la deuxième année. Cette dernière option est encouragée, particulièrement lorsqu'une entente financière peut être conclue. Par contre, les étudiants doivent savoir qu'il n'y a aucune obligation à commencer le projet de recherche plus tôt, s'ils ont d'autres engagements durant l'été précédant la deuxième année du programme de maitrise. La partie expérimentale des projets de recherche doit être complétée pour la fin du mois d'août de la deuxième année académique. Une extension peut être arrangée avec le superviseur pour un cinquième trimestre. Une extension pour un sixième trimestre ne sera généralement pas accordée.
Inscription
Le droit à un projet de recherche ne s'applique pas aux étudiants qui n'ont pas complété tous les éléments requis pour les 4 principaux cours du programme de maitrise et obtenu la note de pasage pour ces mêmes cours. Un étudiant de première année dans cette position peut tout de même entamer le processus de sélection d'un projet de recherche. Cependant, aucun engagement officiel ne pourra être conclu entre le superviseur et l'étudiant, c'est-à-dire que le projet ne pourra pas être incrit tant que le cas n'aura pas été référé au directeur du programme, qui le soumettra au Comité des Études Supérieures. Lorsque le Comité des Études Supérieures aura donné son approbation, l'étudiant sera autorisé à débuter son projet de recherche. De plus, l'étudiant devra être conscient qu'un non respect de la "Règle des 16 mois", décrite à la section Cours, pourra entrainer son retrait du programme de maitrise, même si le projet de recherche est entamé.
Support financier
Les ententes officielles entre un superviseur et un étudiant vont généralement inclure un portion financière, c'est-à-dire un support financier pour l'étudiant à titre d'assitant de recherche. Le montant et la durée du support financier varient d'une situation à l'autre. Les étudiants sont encouragés à discuter de cet aspect du projet avec les superviseurs potentiels avant de prendre leur décision pour le choix de projet. Les étudiants avec une bourse d'études du gouvernement ne doivent pas attendre de support financier en plus du superviseur. Les étudiants appliquants pour les bourses d'études du gouvernement tel que CRSNG, MRC, FRSQ ou FCAR doivent avoir un GPA d'au moins 3.50 durant les 12 cours de première année afin d'avoir le support de l'Unité de Physique Médicale (UPM). Les étudiants avec un GPA d'au moins 3.50 au cours de leurs études de premier cycle en physique sont encouragés à appliquer pour les bourses d'études du gouvernement avant et pendant leur application au programme de maitrise. Si leur application est retenue pour une bourse d'études gouvernementale, ils receveront du financement durant les deux années du programme de maitrise et ils auront aussi plus de facilité pour trouvé le projet de recherche et le superviseur de leur choix.
Droit à un projet de recherche
Tous les étudiants ayant obtenu 28 crédits pour les cours de première année du programme ont droit à un projet de recherche individuel. Les étudiants ayant de la difficulté à conclure une entente pour un projet de recherche doivent se référer au directeur du programme, qui les assitera pour l'obtention d'un projet approprié. Ce droit à un projet de recherche ne s'applique pas automatiquement aux étudiants n'ayant pas obtenu tous les 28 crédits. Par contre, en pratique, il est généralement assumé qu'un étudiant de première année ayant réussi trois des principaux cours du programme du premier trimestre obtiendra éventuellement ses 28 crédits et le droit à un projet de recherche s'applique dans ce cas-ci.